Vườn quốc gia (VQG) Bái Tử Long là một trong 7 vườn quốc gia trên cả nước vừa có diện tích trên cạn vừa có diện tích biển, nơi đây như một bảo tàng tự nhiên quý giá với đa dạng các hệ sinh thái đặc trưng riêng có. Do phần lớn diện tích là biển, với các hệ sinh thái đặc trưng và giá trị đa dạng sinh học (ĐDSH) cao, công tác bảo tồn ĐDSH biển tại VQG Bái Tử Long luôn là một trong những nhiệm vụ quan trọng hàng đầu của tỉnh.
VQG Bái Tử Long có đến 2/3 diện tích là biển.
VQG Bái Tử Long có 6.125ha diện tích các đảo nổi và 9.658ha diện tích mặt nước biển. Tại đây có 2.415 loài sinh vật, trong đó nhóm sinh vật trên cạn 1.195 loài; nhóm sinh vật biển có 1.220 loài. Số loài có tên trong Sách đỏ thế giới, Sách đỏ Việt Nam là 108 loài. Đặc biệt, có trên 10 loài nằm trong Danh mục các loài nguy cấp quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ, như: Rái cá thường, rái cá vuốt bé, vích, rùa hộp ba vạch, rùa hộp trán vàng miền Bắc, cá heo trắng Trung Hoa, cò trắng Trung Quốc và một số loài quý hiếm có giá trị bảo tồn, giá trị khoa học và kinh tế cao như san hô, bào ngư, sá sùng, cầu gai, hải sâm... Vườn được công nhận là Công viên di sản ASEAN với những đặc trưng về dự trữ, bảo tồn sinh học hiếm có không chỉ của Việt Nam và còn của cả khu vực.
Cán bộ Ban Quản lý VQG Bái Tử Long giám sát sự phát triển của loài ốc đụn đực và bào ngư thực hiện tại mô hình bảo tồn, nghiên cứu khoa học các nguồn gen thủy sản quý hiếm, giá trị kinh tế cao.
Với tiềm năng về các hệ sinh thái đặc trưng, giá trị ĐDSH cao, công tác bảo tồn ĐDSH biển được Ban Quản lý VQG Bái Tử Long đặc biệt quan tâm, trọng tâm là xây dựng, triển khai các đề tài, nhiệm vụ, dự án liên quan đến lĩnh vực tài nguyên ĐDSH. Trên cơ sở đó từng bước nâng cao hiệu quả nghiên cứu khoa học đồng thời ứng dụng những thành tựu khoa học công nghệ vào trong công tác bảo tồn. Tiêu biểu như các đề tài: Ương, nuôi thử nghiệm loài hải sâm trắng (Holothuria scabra); nghiên cứu xây dựng quy trình ương, nuôi thương phẩm loài ngao ô vuông (Periglypta Puerpera Linnaeus, 1771) tại VQG Bái Tử Long; nghiên cứu khoa học cấp cơ sở: “Xây dựng mô hình điểm về du lịch sinh thái kết hợp bảo tồn biển tại VQG Bái Tử Long”; quy trình sinh sản nhân tạo loài sá sùng (Sipuncunus Nudus) tại Quảng Ninh.
Bên cạnh đó, còn có các chương trình nghiên cứu khoa học bảo tồn nguồn gen các loài nguy cấp, quý hiếm nhằm từng bước duy trì và phục hồi ĐDSH biển. Điển hình tại khu vực bảo vệ nghiêm ngặt đảo Ba Mùn thuộc VQG Bái Tử Long, mô hình bảo tồn, nghiên cứu khoa học các nguồn gen của 6 loài thủy sản quý hiếm, giá trị kinh tế cao gồm hải sâm, bào ngư, gà ghim, ốc màu, ốc đá, ốc đụn đực đang được triển khai đạt được nhiều kết quả tích cực. Trực tiếp tham gia nghiên cứu mô hình bảo tồn nguồn gen, ông Phạm Xuân Hiệu (cán bộ Phòng Bảo tồn biển, đất ngập nước, VQG Bái Tử Long) cho biết: Hằng năm, trên khu vực được khoanh vùng, chúng tôi tổ chức thực hiện các kỳ giám sát, theo dõi, đánh giá sinh lượng, mật độ các loài trong danh mục bảo vệ nguồn gen của mô hình. Kết quả giám sát đánh giá quy mô mật độ, sự phát triển của loài, từ đó kịp thời có đề xuất các giải pháp quản lý, bảo vệ phù hợp với tình hình thực tế…
Quần thể san hô đang được bảo tồn tại VQG Bái Tử Long.
Cùng với đó, Ban Quản lý VQG Bái Tử Long cũng chủ động hợp tác với các đơn vị, tổ chức trong nước và quốc tế triển khai các đề tài nghiên cứu có hàm lượng khoa học cao. Nổi bật, như hợp tác với Tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế tại Việt Nam từ năm 2006 trong bảo vệ quần thể rùa biển (vích và đồi mồi) và môi trường sống của chúng tại VQG Bái Tử Long. Mới đây, Ban Quản lý VQG Bái Tử Long ký kết hợp tác với Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga, hướng tới hình thành Trạm nghiên cứu tổng hợp biển tại khu vực này trong tương lai nhằm tăng cường nghiên cứu tổng hợp về các hệ sinh thái đặc trưng, đặc biệt là hệ sinh thái biển, phục vụ công tác bảo tồn và phát huy giá trị của Công viên di sản ASEAN trên biển.
Công tác bảo tồn ĐDSH biển được Ban Quản lý VQG Bái Tử Long xác định cần gắn với xây dựng, quảng bá thương hiệu, khai thác tiềm năng các loài đặc hữu và các kỳ quan sinh thái trong phát triển du lịch, kinh tế ven biển tại VQG Bái Tử Long. Ông Phạm Ngọc Vinh, Giám đốc Ban Quản lý VQG Bái Tử Long, cho biết: Đối với nhiệm vụ bảo tồn ĐDSH khu vực biển, cần sự vào cuộc tích cực của cả hệ thống chính trị tại địa phương liên quan đến quản lý hoạt động khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; đặc biệt quan tâm tới các hộ dân sinh sống, hoạt động trong ranh giới VQG quản lý; tăng cường, đổi mới công tác tuyên truyền cho ngư dân nâng cao nhận thức, trách nhiệm đối với việc bảo tồn, phát triển sinh học biển theo quy định của Luật ĐDSH; lập hồ sơ đề nghị cấp thẩm quyền công nhận là Khu bảo tồn biển cấp quốc gia.