Thương cảng Vân Đồn được thành lập năm 1149 dưới thời vua Lý Anh Tông. Đây là thương cảng đầu tiên của nước Đại Việt, gồm nhiều bến thuyền trên các đảo ở Vịnh Bái Tử Long. Trên phạm vi khoảng 200 km2 có các bến: Cống Đông, Cống Tây; Cái Làng, Cống Cái; Cái Cổng, Con Quy; Cống Yên, Cống Hẹp thuộc Đặc khu Vân Đồn ngày nay.
Bức tranh phác họa Thương cảng cổ Vân Đồn hiện được lưu giữ tại đình Quan Lạn (Đặc khu Vân Đồn).
Suốt gần 7 thế kỷ kể từ khi thành lập, thương cảng Vân Đồn đông đúc tàu buôn đến từ Trung Quốc, Nhật Bản, Mông Cổ, Philippines và châu Âu. Hàng hóa theo tàu nước ngoài xuất đi chủ yếu là trầm hương, ngọc trai, ngà voi, vỏ quế, sừng tê giác, vàng, bạc, đồng, diêm tiêu, hải sản... Hàng hóa nước ngoài nhập vào là gấm vóc.
Đại Việt sử ký toàn thư ghi lại: “Nhiều đoàn thương thuyền trước đây vào các cửa biển Tha, Viên ở châu Diễn, nay phần nhiều tụ tập ở Vân Đồn”. Không chỉ mở rộng về địa giới hành chính, Vân Đồn từ trang được nâng lên thành một trấn, lập vào thời Trần Dụ Tông (1345), thuộc lộ Hải Đông, sau đổi là lộ An Bang.
Ngoài việc buôn bán, các vua Trần còn cho xây dựng nhiều chùa tháp với quy mô lớn như: Chùa Lấm, chùa Trong, chùa Cát, chùa Vụng Cây Quéo, chùa Vụng Chuồng Bò, Bảo Tháp ở khu vực Cống Đông (xã Thắng Lợi) để đáp ứng nhu cầu tôn giáo cho cư dân trong nước và thương thuyền quốc tế tâm linh “thuận buồm mát mái, buôn bán hanh thông”.
Lịch sử thăng trầm, khi cuộc chiến tranh xâm lược của quân Nguyên Mông thế kỷ XIII, các vua Trần đã đưa ra những chính sách hạn chế ngoại thương có ảnh hưởng đến hoạt động buôn bán tại Vân Đồn. Thời Lê, sau khi giành được độc lập đã thi hành nhiều chính sách khắt khe đối với ngoại thương, đặc biệt kiểm soát chặt chẽ các hoạt động buôn bán. Tuy hoạt động thương mại ở Vân Đồn sút kém hơn thời Lý, Trần nhưng vẫn chiếm vị trí quan trọng ở Việt Nam.
Từ cuối thời Trần và đầu thời Lê, vai trò của Thương cảng Vân Đồn và vùng cảng biển Đông Bắc trong hệ thống hải thương khu vực và quốc tế được biết đến nhiều qua chức năng trung chuyển và xuất khẩu gốm sứ. Bên cạnh chức năng trung chuyển gốm sứ của Trung Quốc ra thị trường khu vực, Vân Đồn còn được biết đến như cửa ngõ đưa gốm sứ Đại Việt (men nâu thời Trần và men lam thời Lê sơ) ra thị trường quốc tế.
Từ cuối thế kỷ XV và sang thế kỷ XVI, chính sử không ghi chép nhiều về hoạt động thương mại, đặc biệt là các chính sách ngoại thương. Tuy nhiên, kết quả từ những đợt khảo sát điền dã, khai quật khảo cổ học và nghiên cứu về đồ gốm, có thể thấy Thương cảng Vân Đồn và vùng duyên hải Đông Bắc nằm trong mạng lưới hải thương khu vực. Đây là giai đoạn gốm sứ thương mại Việt Nam được xuất khẩu ra thị trường thế giới rất mạnh. Mặc dù triều đình phong kiến không có những chính sách phát triển ngoại thương, nhưng ở khu vực biển đảo Vân Đồn, sự tồn tại của các hoạt động thương mại phi quan phương là hiển hiện không ngụy tạo.
Từ năm 1460, triều đình Lê sơ bó hẹp chính sách biên mậu đã hạn chế đến sự phát triển của Thương cảng Vân Đồn và toàn khu vực hải cảng Đông Bắc, nhưng thương nhân Đại Việt và thương nhân nước ngoài vẫn duy trì hoạt động trao đổi buôn bán dạng tiểu ngạch ở hải cảng này.
Thế kỷ XVI, thủ công nghiệp, kinh tế hàng hóa phát triển, thương nghiệp trong nước khởi sắc. Tuy nhiên, do nhiều lý do khác nhau, hoạt động buôn bán tại các khu vực duyên hải Nam Trung Quốc và Đông Bắc Việt Nam đã bị tác động đáng kể. Đồng thời, nhiều tuyến hải thương mới xuất hiện đã tác động không nhỏ đến vị trí của các hải cảng ven biển nước ta.
Đặc biệt, với sự xuất hiện của hàng loạt thương cảng ở khu vực Đàng Ngoài từ thế kỷ XVI-XVII đã có những ảnh hưởng tới Vân Đồn. Sau khi nhà Mạc lên ngôi, với sự hình thành của Dương Kinh với vai trò kinh đô thứ hai, đồng thời là cửa ngõ thông thương với bên ngoài đã phần nào ảnh hưởng tiêu cực tới thương mại của Vân Đồn và khu vực biển Đông Bắc.
Mặc dù có chuyển dịch cửa ngõ buôn bán xuống khu vực phía Nam từ thế kỷ XVI – XVIII, nhưng Thương cảng Vân Đồn không phải đã biến mất hoàn toàn. Với vị trí tiếp giáp với khu vực thương mại sôi động ở Đông Nam Trung Quốc, Vân Đồn và khu vực duyên hải Đông Bắc, dù không còn là cửa ngõ thương mại chính của Đại Việt như ở giai đoạn Lý, Trần vẫn có vai trò thương mại đáng kể.
Bước sang đầu thế kỷ 19 dưới thời nhà Nguyễn, thương cảng Vân Đồn không còn hoạt động. Cư dân trên một số bến cổ di chuyển đi nơi khác, kho tàng bến bãi dần bị hỏng. Các bến thuyền thương mại chuyển thành bến phục vụ nhu cầu đánh cá, trao đổi lâm, hải sản đến các nơi khác trong nước của nhân dân địa phương.
Có thể thấy, quy mô lớn của thương cảng Vân Đồn khá sầm uất qua việc phát hiện nhiều bến bãi với đồ gốm và đồng tiền cổ thuộc nhiều triều đại. Các di tích phân bố trên suốt một dải đảo từ Cống Đông, Cống Hẹp, Cống Yên, Ngọc Vừng đến Minh Châu, Quan Lạn… Cùng với đó là việc còn tồn tại một khẩu giếng có tên gọi nôm na là Giếng Hiệu, hay còn gọi là Giếng Nàng tiên nằm sát bên bờ vụng, quanh năm đầy nước. Đó là một trong những yếu tố góp phần khẳng định thêm rằng Cái Làng là một bến thuyền buôn cổ của bến thuyền cổ của cảng Vân Đồn.
Trải qua thời gian và sự bồi lắng của biển cả, diện mạo sầm uất của khu thương cảng Vân Đồn xưa không còn. Hiện nay, trong lòng đất trên bờ vụng tại các bến thuyền cổ vẫn còn hàng triệu mảnh sành sứ vỡ hay nguyên vẹn, nền nhà, nền đình, nền chùa, tiền đồng…
Di tích lịch sử Quần thể Thương cảng Vân Đồn thuộc Đặc khu Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng là di tích quốc gia đặc biệt tại Quyết định số 1225/QĐ-TTg ngày 24/10/2023.