Trong lịch sử tư tưởng Việt Nam, Thiền phái Trúc Lâm đời Trần, trong đó tiêu biểu là tư tưởng của Trần Nhân Tông - “đệ nhất tổ thiền Trúc Lâm Yên Tử” nổi lên như một dấu son góp phần khắc hoạ đậm nét bản sắc văn hoá Việt Nam nói chung, đặc trưng của Phật giáo Việt Nam nói riêng. Đây có thể coi là một di sản văn hoá quý báu.
Đại Việt Sử ký Toàn thư ghi chép cho biết, tháng 10 năm Kỷ Hợi (1299), Thượng hoàng Trần Nhân Tông chính thức đến núi Yên Tử xuất gia, lấy pháp danh là Hương Vân Đại Đầu Đà, tu hành theo thập nhị đầu đà (mười hai điều khổ hạnh). Ngài có đạo hiệu là Trúc Lâm Đại Đầu Đà hay Trúc Lâm Đại sĩ Giác hoàng Điều Ngự. Tại Yên Tử, Điều Ngự đã lập tinh xá, thuyết pháp, dạy đạo và thu nhận đệ tử. Trong 9 năm tu Phật, Điều Ngự đã đi nhiều nơi để giảng đạo, bao gồm các chùa như: Phổ Minh (Ninh Bình), Sùng Nghiêm (Hải Phòng), Vĩnh Nghiêm (Bắc Ninh)… Ngài đi giáo hóa khắp nơi trong cả nước, khuyến khích tăng, ni, Phật tử tin tưởng đúng đắn và thực hành Phật pháp với tư tưởng cốt lõi “Phật tại tâm”.
Theo lịch sử Phật giáo Việt Nam, Thiền phái Trúc Lâm ra đời từ sự hợp nhất ba thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi, Vô Ngôn Thông và Thảo Đường. Trong đó, nổi bật lên hệ tư tưởng Phật học đặc sắc đã được Phật hoàng Trần Nhân Tông kết tinh, sáng tạo và khởi xướng nhằm khuyến hóa người học Phật. Chính tư tưởng Phật học của Phật hoàng Trần Nhân Tông mới là yếu tố quyết định cho sự phát triển Phật giáo Trúc Lâm nói riêng và sự hưng thịnh của đất nước Đại Việt nói chung.
Tượng Trần Nhân Tông tại tháp Huệ Quang đã được công nhận là Bảo vật Quốc gia năm 2020.
Các nhà nghiên cứu cho rằng, Phật giáo thời Trần không đơn thuần là tiếp nối, mà còn là sự dung hợp, kế thừa, phát triển và thống nhất từ các dòng thiền Tỳ Ni Đa Lưu Chi, Vô Ngôn Thông, Thảo Đường. Đây là điểm khác biệt nổi bật so với các thời kỳ trước và sau, Phật giáo thời Trần còn kết hợp cùng các tông phái Phật giáo lớn như Thiền tông, Tịnh độ tông, Luật tông, Mật tông và Giáo tông. Sự dung hợp đó không triệt tiêu nhau, mà bổ trợ, làm phong phú thêm tư tưởng Phật giáo, giúp Phật giáo dễ dàng thích ứng với nhiều tầng lớp và trình độ khác nhau trong xã hội. Hơn thế, Phật giáo thời Trần còn hài hòa với Nho giáo và Đạo giáo, tạo nên hệ tư tưởng đa chiều, sâu sắc, nhưng không xung đột. Vua Trần Nhân Tông xuất thân từ Nho học, tinh thông uyên bác, sau chuyển sang tu hành, thể hiện tinh thần cởi mở, kết hợp trí tuệ thế gian với trí tuệ nhà Phật. Tư tưởng dung hợp ba đạo Phật - Nho - Đạo là điểm ưu việt, giúp xã hội dưới thời Trần ổn định và phát triển toàn diện.
Cũng theo các nhà nghiên cứu, một yếu tố quan trọng khiến Phật giáo thời Trần được xem là quốc giáo chính là sự bảo trợ mạnh mẽ từ triều đình. Các vị vua, hoàng thân quốc thích và quan lại không chỉ là tín đồ mà còn là hộ pháp, người bảo vệ và phát triển đạo Phật. Triều đình cho xây dựng chùa chiền, độ tăng (nuôi dưỡng và phong chức cho sư sãi), mở giới đàn, thỉnh kinh, tổ chức các lễ hội Phật giáo quy mô lớn. Từ trung ương đến địa phương, tổ chức Phật giáo được sắp xếp bài bản, thống nhất và đồng bộ, điều mà không triều đại nào sau này có thể làm được. Chính sự thống nhất này đã tạo nên sức mạnh tinh thần to lớn, làm nên một Phật giáo vừa gắn với dân, vừa gắn với nước.
Từ tư tưởng Trần Nhân Tông cũng như Thiền phái Trúc Lâm, sự đoàn kết trong tôn giáo là nền tảng cho sự đoàn kết toàn xã hội, góp phần giữ vững độc lập và ổn định quốc gia trong bối cảnh nhiều biến động. Từ tư tưởng đến tổ chức, Phật giáo thời Trần đã thấm sâu vào mọi mặt của đời sống xã hội. Với tinh thần từ bi, dung hợp, nhập thế và thống nhất, Phật giáo không chỉ là tôn giáo mà còn là hệ tư tưởng lãnh đạo quốc gia. Vai trò to lớn của triều đình, sự phát triển mạnh mẽ và toàn diện của Phật giáo cả về lý thuyết lẫn thực hành, sự dung hòa với các hệ tư tưởng… tất cả đã khẳng định rằng Phật giáo thời Trần chính là quốc giáo, tôn giáo làm trụ cột cho cả quốc gia Đại Việt. Đây là đỉnh cao rực rỡ nhất trong lịch sử Phật giáo Việt Nam.